ChromasDNA序列读图软件

Chromas是一款DNA序列分析读图软件，使用这款软件可以帮助我们打开ab1、scf、ztr格式的图谱文件，支持自动删除低质量序列和矢量序列，软件还支持将图谱进行格式转换，从而方便使用其它软件打开。

使用方法

1、选择File菜单打开一个序列文件，或者直接通过Open打开。

2、一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右，由于荧光染料的干扰和机器性能，测序结果在最开始和最后面的时候有几十个碱基不准确，如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱基。

3、我们通过工具栏的缩放工具，可以放大或者缩小整个视图：

通过上图可以看出，不同碱基对应不同的颜色。

4、通过工具栏的“Find‘工具，可以查找某个序列：

5、通过“File”菜单栏的Blast Search可以直接连接在线数据库，将序列进行Blast，省去了我们打开NCBI等数据库然后复制序列再比对的麻烦：

点击OK之后出现如下界面，然后点击“View report”即可。

6、Chromas还自带序列翻译蛋白质功能，点击“Options-》Show Translations-》All”显示三条蛋白质翻译序列。这里之所以显示三条，是因为Chromas不知道你的序列翻译的起始位点，所以如果你的序列是cDNA序列，那么这三条蛋白质序列中总有一条是你想要的，这在我们做蛋白质点突变的时候非常有用。当然如果你的是启动子等其他序列，这个功能是多余的。

7、我们可以将序列导出，并且可以设置导出的间隔、分行、以及是否显示序号，下面的设置中代表每60个碱基一行。

8、当然可能会有同学想说，如果我想把测序峰图放在文章中，我该怎么弄？Chromas没有存储为图片的选项，这时可能有同学就想用截图了，这里Chromas可以存储为PDF格式，在“File”里面选择Print 预览，然后选择PDF即可。

导出来之后就得到PDF格式的峰图了，这是矢量图，可以无限放大。然后通过Photoshop做出所需要的图片。

功能

1、从Applied Biosystems DNA测序仪打开.ab1色谱图文件。
2、开启由别的序列产生器建立或从数据库查询查找的SCF和ZTR格式色谱图文档。
3、储存为.scf或AppliedBiosystems.ab1格式。
4、打印出色谱图，在其中包括放缩或合适一页的选择项。
5、全自动删掉低品质序列（当品质数据信息可以用时）或矢量素材序列。
6、以纯文字，FASTA，FASTQ，EMBL，GenBank或？？GCG格式导出来序列，或应用基本上序号格式化以开展演试。
7、将序列以纯文字，FASTA或FASTQ格式拷贝到剪贴板，以黏贴到别的应用软件中。
8、翻转和填补序列和色谱图。
9、根据精准配对或最好两端对齐检索子序列。
10、表明3帧中的汉语翻译及其序列。
11、拷贝色谱图一部分的图象以黏贴到文本文档或幻灯片中。
12、批处理命令，包含格式变换，带矢量素材删掉的序列导出来，批量打印和原始记录的批量导出。
13、应用NucleicsPtyLtd的PeakTraceRP部件提高.ab1文档，以提升最高值易读性并获取大量高品质的基本。